一、歷年學術著作：（依發表年月排序） A.期刊論文
1. 蔡瑜，宋代的唐詩分期論，國立編譯館館刊，22卷1期， 頁159-201，1993年6月。
2. 蔡瑜，論陶淵明的任真 ，國家科學委員會研究彙刊：人文及社會科學，4卷1期，頁15-37，1994年1月。
3. 蔡瑜，《唐音》析論，漢學研究，12卷2期 ， 頁245-269，1994年12月。
4. 蔡瑜，論「聲音之道與政通」的意涵及其運用在詩評中的演繹過程，臺大文史哲學報，44期，頁41-86，1996年6月。
5. 蔡瑜，離亂經歷與身分認同――蔡琰的悲憤交響曲，臺大婦女與兩性學刊，8期，頁29-53，1997年4月。又收在《古典文學與性別研究》，里仁書局，1997年9月， 頁57-93。
6. 蔡瑜，唐代七言格律擬議，臺大文史哲學報，51期，頁31-54，1999年12月。
7. 蔡瑜，從「興於詩」論李白詩的詮釋問題，臺大中文學報，12期，頁229-258，2000年5月。
8. 蔡瑜，從典律之辨論明代詩學的分歧，臺大中文學報，17期，頁185-234，2002年12月。
9. 蔡瑜，試從身體空間論陶詩的田園世界，清華學報，新34卷1期，頁151-180，2004年6月。
B會議論文
1. 蔡瑜，論《暗戀桃花源》對陶淵明〈桃花源記〉的詮釋，Conference on Foreign Films and Literature，1994年11月。
2. 蔡瑜，從「興於詩」論李白詩詮釋的一個問題，中國的經典詮釋傳統研討會，臺灣大學主辦，1999年7月4-5日。
3. 蔡瑜，唐代七言格律擬議，粵音與詩歌格律國際研討會，香港中文大學主辦，1999年10月28-29日。
4. 蔡瑜，晚明女性詩評與傳統詩學的對話關係――以《名媛詩歸》為例的探討，近代中國的婦女、國家與社會（1600-1950）研討會，中央研究院近代史研究所主辦，2001年8月23-25日。
5. 蔡瑜，身體空間與復返自然――以陶詩為例，空間與慾望――中國文學中的時空書寫研究會，中央研究院中國文哲研究所主辦，2002年12月13日。
6. 蔡瑜，大地安居與復返自然――試論陶淵明的歸園田居，中國哲學懇話會（第123回），日本九州大學中國哲學史研究室舉辦，2004年4月24日。
7. 蔡瑜，飲酒與自然──從陶淵明的身體空間談起，東亞文學研究的新視野學術討論會，國立台灣大學東亞文明研究中心舉辦，2004年5月17日。
C.專書及專書論文
1. 蔡瑜，高棅詩學研究，臺大文史叢刊 ，台灣大學出版， 300頁，1990年6月。
2. 蔡瑜，宋代唐詩學，臺大博士論文， 527頁，1990年6月。
3. 蔡瑜，古典文學與性別研究（合著），臺北：里仁書局，頁57-93，1997年9月。
4. 蔡瑜，唐詩學探索，臺北：里仁書局， 334頁，1998年4月。
5. 蔡瑜，中國抒情詩的世界，中山學術基金會， 230頁，1999年9月。
6. 蔡瑜，從對話功能論唐代女詩人的書寫特質，中國女性書寫國際學術討論會論文集，臺北：學生書局，1999年9月。
7. 蔡瑜，試論《名媛詩歸》的選評觀，羅久蓉主編《無聲之聲：近代中國的婦女與文化（1600~1950）》，中央研究院近代史研究所，頁1-48，2003年5月。
Ｄ.技術報告
1. 蔡瑜，宋人論陶淵明及其詩，國家科學委員會甲種獎助論文，1992年。
2. 蔡瑜，唐詩分期論中「初唐」觀念的衍生，國家科學委員會專題計劃，1997年，計畫編號：NSC 86-2411-H-002-030。
3. 蔡瑜，明代唐詩學中的四唐論述，國家科學委員會專題計劃，1998年， 計畫編號：NSC 87-2411-H-002-006 。
4. 蔡瑜，性別與典律（一）――《詩歸》與《名媛詩歸》編選策略比較研究〉國家科學委員會專題計劃，1999年，計畫編號：NSC 89-2411-H-002-015。
5. 蔡瑜，性別與典律（二）――明代詩學中的典律之爭，國家科學委員會專題計劃，2001年，計畫編號：NSC 89-2411-H-002-015。
6. 蔡瑜，重探中國人文傳統的自然觀----中古詩學中的自然1/3，國家科學委員會專題計劃，2002年，計畫編號：NSC 91-2411-H-002-008-AD。
7. 蔡瑜，重探中國人文傳統的自然觀――中古詩學中的自然2/3，整合型三年期計劃第二年，國家科學委員會專題計劃，2003年，計畫編號：NSC 91-2411-H-002-053-AD。
