一
学术自由、大学自治离不开学者的自律。它要求握有文化资本的学者，对于专业领域以外的问题，不能以一种“真理在握”的权威心态随意评说。这既有违于学术自由、大学自治的本义，事实上也侵害了建立学术自由、大学自治制度的学术基础，甚至还会产生严重的社会后果。正因为如此，对于学者的行为，发达国家的高等学校不仅通过制定管理制度来加以限定和约束，也借助于学术规范让学者自律。要求学者们做到：
（1）不能故意违背学术诚信的准则，剽窃或有意不正当地使用他人的成果、篡改或伪造数据；
（2）在履行作为一个教师的职责时，不准基于政治、民族、宗教和性别的原因歧视他人；
（3）不能在教学中不断地引入大量与课程无关的材料；
（4）不能任意地否定学生的受指导权；
（5）不能采用武断的标准评价学生的学业；
（6）不准利用自己作为一个教师的地位或权力强迫学生在判断与认识上与自己一致；或由于专断及其他个人的原因使学生受到伤害；
（7）在教师和学生之间出现利益冲突，尤其是在这种冲突牵涉到两性关系和家庭关系时，教师必须将自己与自己履行的专业职责区分开；
（8）不准无故不履行学校支持或授权的工作；
（9）不准在未经授权的情况下，将学校的资源和设备广泛地用于赢利、政治和宗教活动；
（10）不准将自己的观点说成是学校的观点或是自己所在部门的观点；
（11）作为全职雇员，在受聘期内不准利用正常工作时间在校外兼职等。
在我国，不仅大学缺少上述规范，不少学者也缺乏把这些规范转化成行动的自觉。
二
学术自由、大学自治制度的实现离不开学术宽容。在世界上的一流大学，经常有不同学术立场、意见相左的学者就同一问题在相同的场合阐述自己的观点，以帮助学生和社会了解问题的复杂性，同时培养对反对者观点的尊重与理解，并在反对声音中获得克服自身认识盲区的资源；然而，在我国的大学和社会生活中，人们对待与自己不同，或者是与传统观念相冲突的学术见解，往往缺乏宽容，相互间的交流、尊重、理解和学习非常困难，这不仅妨碍了学术的交流与发展，也影响了学术自由和大学自治制度的建立。
虽然我国高等学校普遍采用的是美式的校院系三级组织结构，而不是德式的讲座制。但是，美国抛弃德国大学的讲座制，建立学系制度既是为了给不同的学科创造平等的发展条件，同时也是为了给同一学科内的教师，不管是资深的教师还是年轻的教师以同等的权利和发展的机会。而在我国高等学校内，有些来自不同领域的学者出于自身的利益，不仅在自然科学、人文科学、社会科学和工程科学之间制造出了不平等，而且即使在同一个学院内，也以学科的成熟度为标准强化自己所在学科的重要性和优势地位，并试图左右所在学院的学科发展与开拓规划。大学是教会人思考的地方，然而，在利益面前我国有一些学者却集体患上了思考贫乏症，不仅削弱了学者的独立性、创造性，瓦解了学者间的有效合作，也违背了“科学研究者之间的多中心秩序需要尊重对真理的追求、向往正义及在其相互关系中维持相互尊重和互惠的规范”，并最终影响了学术自由和大学自治制度在我国的形成与发展。
三
因此，尽管学术自由被视为现代大学制度的一个核心内容，是构建现代大学制度的基础和理想形态，但是，在我国能否建立起与一流大学和研究型大学建设需要相适应、与建设创新型国家相适应的现代大学制度，既考验管理者的智慧，也考验学者的修养。它需要政府与大学、管理者与学者双管齐下，共同努力。如果过分地强调或夸大其中任何一方的责任与担当，不仅有可能遮蔽我国高等学校管理制度的实际情况，也无益于我国现代大学制度建设。经过改革开放，公众的理性化程度普遍得到了提高，社会已经形成了非常强的结构弹性。这些既为政府的行为和政策提供了比较大的尝试空间与回旋余地，同时也为逐步建立现代大学制度提供了非常好的时机。从高等学校来看，首先应该制定大学章程，既明确教师应该享有的权利，同时对老师作为一个学者所应有的职业操守、言行规范和义务等也要进行详细地规定，为学者们规范自己的职业行为、履行自己的职业角色提供可操作的，而不是一般的、抽象的、原则性的依据。